Pondok Pesantren Asshiddiqiyah didirikan pada bulan Rabi'ul Awal 1406 H (1 Juli 1985 M). Pondok Pesantren Asshiddiqiyah pertama kali didirikan oleh Dr. KH. Noer Muhammad Iskandar, SQ, putra dari salah satu kyai besar Jawa Timur yang berasal dari Banyuwangi yaitu KH. Iskandar, di atas tanah yang diwakafkan oleh H. Abdul Ghoni Dja'ani (Haji Oon), putra dari KH. Abdul Shiddiq di kawasan Kelurahan Kedoya Selatan Kebon Jeruk yang saat itu dipenuhi rawa dan sawah. Pondok Pesantren Asshiddiqiyah diasuh oleh DR. KH. Noer Muhammad Iskandar, SQ.
Dalam usianya yang ke-25, Pondok Pesantren Asshiddiqiyah telah membuka delapan cabang yang tersebar di beberapa daerah, yaitu:
- Pondok Pesantren Asshiddiqiyah Pusat, Kebon Jeruk Jakarta Barat
- Pondok Pesantren Asshiddiqiyah II, Batu Ceper Tangerang Banten
- Pondok Pesantren Asshiddiqiyah III, Cilamaya Karawang Jawa Barat
- Pondok Pesantren Asshiddiqiyah IV, Serpong Tangerang Banten
- Pondok Pesantren Asshiddiqiyah V, Cijeruk Bogor Jawa Barat
- Pondok Pesantren Asshiddiqiyah VI, Sukabumi Jawa Barat
- Pondok Pesantren Asshiddiqiyah VII, Way Kanan Lampung
- Pondok Pesantren Asshiddiqiyah VIII, Musi Banyuasin Palembang Sumatera Selatan
Selain memiliki kerangka umum pendidikan formal di satu sisi dan kerangka khusus kurikulum kepesantrenan di sisi lain, sesuai dengan Trilogi Pondok Pesantren Asshiddiqiyah yang menjadi tujuan dasar berdiri, yaitu:
- Menguasai Ilmu Pengetahuan dan Teknologi, serta membangun Iman dan Taqwa secara lebih mendalam.
- Berakhlakul karimah, sebagai dasar dari perikehidupan bermasyarakat, berbangsa, dan bertanah air.
- Menguasai bahasa asing, dalam hal ini yaitu Bahasa Arab dan Bahasa Inggris seiring perkembangan zaman dengan tanpa meninggalkan sokoguru daripada dasar pendidikan islam.
